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cron을 이용한 업데이트 질문
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- biocell 작성
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cron을 이용해서 update_blastdb.pl이라는 파일을 실행시키려 합니다.
그런데 cron.daily에
파일을 만들어서
cd $BLASTDB
update_blastdb.pl nt
cd -
이렇게 해두었더니 원하는 폴더가 아니라 루트에서 작업이 이뤄지더군요. ;
perl script 자체가 update_blastdb $BLASTDB/nt 같은 것을 지원하지 않아서... 어떻게 해야할 지도 모르겠습니다.
일단 한번 받은 다음 옮기는 방법도 생각해봤습니다만 perl script가 기존에 있는 파일과 비교해서 업데이트된 사항이 있으면 다운 받는 것이라 그것도 안될 것 같구요.. 그렇다고 매일매일 받기에는 덩치가 너무큽니다.;
요지는 cron을 이용해서 $BLASTDB라는 폴더에서 update_blast.pl이 실행되게 하는 것입니다. 어떻게 하면 될까요..?
참고로 perlscript는 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/docs/update_blastdb.pl 에서 보실 수 있습니다.
그런데 cron.daily에
파일을 만들어서
cd $BLASTDB
update_blastdb.pl nt
cd -
이렇게 해두었더니 원하는 폴더가 아니라 루트에서 작업이 이뤄지더군요. ;
perl script 자체가 update_blastdb $BLASTDB/nt 같은 것을 지원하지 않아서... 어떻게 해야할 지도 모르겠습니다.
일단 한번 받은 다음 옮기는 방법도 생각해봤습니다만 perl script가 기존에 있는 파일과 비교해서 업데이트된 사항이 있으면 다운 받는 것이라 그것도 안될 것 같구요.. 그렇다고 매일매일 받기에는 덩치가 너무큽니다.;
요지는 cron을 이용해서 $BLASTDB라는 폴더에서 update_blast.pl이 실행되게 하는 것입니다. 어떻게 하면 될까요..?
참고로 perlscript는 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/docs/update_blastdb.pl 에서 보실 수 있습니다.
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댓글 2
LUFFY님의 댓글
- LUFFY
- 작성일
임의의 경로에(ex. /root) blastdb.sh 을 만들어서 아래 내용을 삽입하고
#!/bin/bash
BLASTDB='실행경로'
cd $BLASTDB
update_blastdb.pl nt
crontab -e 로 들어가서
00 00 * * * su - root -c '/root/blastdb.sh'
이렇게 하면 안될까요? update_blastdb.pl 파일은 실행경로에 있는거 맞으시죠?
#!/bin/bash
BLASTDB='실행경로'
cd $BLASTDB
update_blastdb.pl nt
crontab -e 로 들어가서
00 00 * * * su - root -c '/root/blastdb.sh'
이렇게 하면 안될까요? update_blastdb.pl 파일은 실행경로에 있는거 맞으시죠?
biocell님의 댓글
- biocell
- 작성일
음...결국 #!/bin/bash 를 추가하는 건가요? 한번 해보겠습니다.
