ftp업로드 후 웹 접속 장애

안녕하세요
얼떨결에 freeBSD서버 운영까지 떠맡은 초보 프로그래머입니다.
묻혀서 다시 한번 질문 올립니다.

pure-ftp와 apache를 사용하고 있는 FreeBSD 서버입니다.
이름기반 가상도메인으로 30개 조금 넘는 사이트를 운용하고 있구요

종종 웹 접속이 5분정도 안되길래 로그파일도 살펴보고 top도 실행해 봤지만
별다른 문제가 없더군요

꼭 ftp로 파일을 업로드한 후에 한참동안 웹 접속이 안되는 현상이 발생합니다.
알ftp문제인가 싶어서 익스플로러를 이용해서 업로드 해봤는데 역시 같은 증상입니다.

용량보다는 횟수에 문제가 있는것 같더군요.
짧은 시간동안 여러개의 파일을 업로드하면 그 후 웹 서버가 먹통이 됩니다.
1분 ~ 5분정도 웹 접속이 안되더군요. ssh접속이나 ftp는 멀쩡히 돌아갑니다.
log파일 뒤지고 top찍어보고 ps를 확인해봐도 문제를 못찾겠습니다.

고수님들에게 도움을 부탁드립니다.
살려주세요. 저희 팀장님이 저를 죽이려고 해요. ㅠㅠ