########급질문입니다~######

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님이 질문하신 내용대로라면 대부분 루트로 로그인시에 적용되는 PATH 변수에 수정을 가하는 경우입니다.
보편적으로 적용되는 파일은 root id기준으로  /root/.bash_profile 과 /etc/profile입니다.
이 2파일의 내용을 보시면 PATH 설정부분이 잘못되어 있을 것이니 확인해보세요

아래는 root로 로그인후의 정상적인 패스 설정 예입니다.

#> cat /root/.bash_profile
-------------------------------------------------
# .bash_profile

# Get the aliases and functions
if [ -f ~/.bashrc ]; then
        . ~/.bashrc
fi

# User specific environment and startup programs

PATH=$PATH:$HOME/bin

export PATH
unset USERNAME
--------------------------------------------------

아래는 /etc/profile 에 적용되는 파일 내용입니다.
#> cat /etc/profile

-------------------------------------------
........ upper omission ...................
export PATH USER LOGNAME MAIL HOSTNAME HISTSIZE INPUTRC

for i in /etc/profile.d/*.sh ; do
    if [ -r "$i" ]; then
        . $i
    fi
done

unset i
unset pathmunge
PATH=$PATH:/var/qmail/man
PATH=$PATH:/usr/local/mysql/bin

-------------------------------------------

자 여기서 팁으로 어떻게 하면 님과 같은 결과가 나올수 있는지 예를 들어보겠습니다.

#> vi /etc/profile
-----------------------------------------------------------
 ........... uppper omission
PATH=$PATH:/var/qmail/man
PATH=PATH:/usr/local/mysql/bin

--------------------------------------------------

이렇게 하면 대략 낭패가 됩니다.
PATH=PATH:/usr/local/mysql/bin  부분 보이시져?? PATH ---> $PATH로 해야 기존 패스정보에
새로운 패스 정보를 추가할수 있는것이랍ㄴㅣ다.

end of line.