root 권한 작동이 위험한 이유는?

이런 질문을 하는 것 자체가 초보자이겠지만,
root 권한으로 작동되는 애플리케이션이 어떤점에서 위험한지 간략하게나마 설명해 주실수 있으신지요.
root로 로그인 하는 것은 모든 권한을 가졌기 때문에 무심코 파일 삭제등으로 위험할 수 있다고 생각되나, 개인적으로 root 권한으로 작동되는 프로그램의 경우 어떤면에서 보안적으로 위험한 것인지 이해가 가질 않아서 문의드립니다.

"대부분이 root 로그인은 피하고 root 권한으로 애플리케이션을 돌리는 것은 위험하다"는 정도만 써 있어서 - 이중 root 권한으로 돌아가는 애플리케이션에 대해서 어떤 위험성이 존재하는지 좀 알고 싶습니다.

* 각각의 리눅스 각각의 디렉토리 구조(역할)에 대해서 알고 싶으면 어디(사이트?)를 보면 구조에 대해서 알 수 있을까요? - /var/log 디렉토리의 경우 그냥 보아도 log관련 디렉토리라는 것을 알겠는데,  다른 /var 하단의 디렉토리에 대해서는 각각 무슨 용도로 사용되는 디렉토리인지 궁금하기도 해서 자세히 알 수 있는 곳이 있나 해서요.