서버 해킹당했는데 고칠길이...

안녕하세요.
운용하던 웹서버중 한대가 해킹 당한것 같습니다.
/ 까지 당한건 아니고 사용자들 홈디렉토리 정도까지만 뚤린거 같습니다. 모두 뚤린것도 아니고 몇개만...
지금 로그파일 분석하고 있기는 한데, index 파일을 원본 파일로 교체를 해도 해킹당한 페이지로 메인 페이지가 뜹니다.
이거 좀 복잡시럽네요... 처음 겪는 일이라...
조언 부탁드립니다.
chkroot rootkit 헌터 돌렸는데 별다른 이상은 없었고, chkroot 돌렸더니 passwd 파일 변경된 시간이 있길래 봤더니 시간대는 알겠습니다.
변경된 몇몇 유저들만 해킹 당한거 같은데 백업으로 다 복구해도 똑같은 페이지가 보여서... 영 난감하네요...
고수님들의 고견한 조언 부탁드립니다.